User Tools

Site Tools


neo:index

NEO-virology

Virome解析のためのパイプライン構築のための情報共有サイト

Members

  • 中川草
  • 堀江真行
  • 矢原耕史
  • 川野秀一
  • 松野啓太
  • 渡辺登喜子
  • 小嶋将平
  • 坂口翔一

(inviteしたい方がいらっしゃったら気軽に中川まで連絡ください)

Softwares

  • Virome Pipeline
  • Sequence quality control
  • RNA-seq Assembly
      • spades.py は Single end も assemble 可能
      • metaspades.py は Paired のみ可能
    • MEGAHIT assembler
  • Assembly
    • SOAPdenovo
  • ウイルス様contigとその他のcontigの分離
  • ICTVをreferenceとした系統分類(遺伝子のアラインメント不要)
    • VICTOR(※コマンドライン版を使うには、著者への依頼の必要あり)
  • Sequence Search
    • BLAST
    • LAST
    • LASTz
    • mmseqs2 (BLASTx-like DNA-protein alignment tool、堀江さん使用経験あり)
    • AC-DIAMOND (BLASTx-like DNA-protein alignment tool、小嶋使用経験あり)
  • Phylogenetic analysis
  • Others
    • SRAtools: NCBIが開発しているsoftwareでSRAデータを取り扱う際に必須
    • seqkit: fastq配列を取り扱う際に便利なsoftware
    • OrthoFinder: Gene shearing 解析 参考参考-2
    • fastANI: 長鎖配列マップツール 参考
    • Gephi: ネットワークの可視化
    • MAFFT: DNA, protein アライメント
    • trimAl: アライメントのambiguous regionを削除
    • Cytoscape: ネットワークの描写
    • CD-HIT: 類似配列のclusering

Database

RNA virome

DNA virome

Giant virus

  • Hidden diversity of soil giant viruses.
    Schulz F, Alteio L, Goudeau D, Ryan EM, Yu FB, Malmstrom RR, Blanchard J, Woyke T
    Nat Commun9p4881(2018 Nov 19)
    • かなりバイオインフォ的なアプローチをしている論文で参考になると思います

Bioinformatics

  • Choice of assembly software has a critical impact on virome characterisation

Phylogenetic analysis

SHIROKANE

契約

ソフトウェア

  • 各softwareの情報はこちら
  • 基本的なtooolはこちらに入っている:
    • /usr/local/package

データベース

  • GenomeSyncデータベース
    • /home/so/kirill/GenomeSync/LATEST

便利なコマンド

  • 自分も含めて他のユーザーがどのくらい使っているかを調べるコマンドは、 `qfree` です。あと、ホームディスクの使用量は `gu` 、アーカイブディスクの使用量は `agu` です。
  • ディスク使用量の確認は `lfsq` を使用しておりました。自分とグループ全体の使用量しか表示されませんが、こちらはすぐにステータスが更新されるので便利かもしれません。
  • qsub確認: qstat
  • qsub確認: qstat -j 45419131 | grep usage
  • qsub確認: qstat -j 45419131.3 | grep usage
  • 終わったジョブの詳細確認: qreport -j 45419131
  • 終わったジョブの詳細確認: qreport -j 45419131.20
  • 使用可能な計算資源の確認: qavail
  • 使用可能な計算資源の確認: qavail -a
  • ファイル転送: scp file.txt kooojiii@slogin.hgc.jp:~/dir/.
  • フォルダ転送: scp -r folder kooojiii@slogin.hgc.jp:~/dir/
  • フォルダ転送: ascp -k1 -Tr -i ~/.ssh/id_rsa kooojiii@fasp.hgc.jp:dir/folder ~/Desktop/
  • qsubのタスク番号は ${SGE_TASK_ID} に格納される
  • qsubのスレッド数は ${NSLOTS} に格納される
  • #$ -R y           #使用するスロット数の予約をする(おまじない程度の効果らしい)
  • #$ -pe def_slot 12        #スロット数の指定
  • #$ -pe def_slot 12-24      #スロット数の指定(範囲で指定もできる)

ネオウイルス学トレーニングコース

詳細はこちら

東海大のゲノム解析システム

詳細はこちら

neo/index.txt · Last modified: 2018-12-07 07:55 by so_nakagawa